Démarche de diagnostic au laboratoire

et méthodes

 

Comme nous l'avons évoqué à plusieurs reprises, le diagnosticien, qu'il intervienne au champ ou au laboratoire, a pour principal objectif dans un premier temps d'étudier s'il a affaire à une problématique parasitaire ou non.

 

  • Cause abiotique suspectée

 

Pour confirmer l’implication d’une maladie non parasitaire, en plus des symptômes, le diagnosticien utilise en premier lieu la fiche de renseignements, et recherche parmi les différents éléments disponibles celui ou ceux qui vont lui permettre d’asseoir son diagnostic (situation géographique de la parcelle ; caractéristiques de l'exploitation ; spécificités de la cultures. Faute de suffisamment d’informations, il contacte le producteur ou son technicien par téléphone afin de mener son « enquête » et de préciser notamment certains paramètres climatiques et agro-culturaux ayant pu influencer défavorablement le développement des plantes. Le diagnosticien peut à terme conseiller d’expédier des échantillons à des laboratoires spécialisés afin qu’ils confirment par exemples un désordre nutritionnel (analyse de sol et/ou de végétal), voire une phytotoxicité (recherche d’un ou plusieurs pesticides).

 

  • Cause biotique suspectée

 

Les symptômes observés au laboratoire sur les plantes sont plus ou moins suggestifs. Ils permettent parfois d’identifier directement la cause de la maladie lorsqu’ils sont très caractéristiques, plus souvent de suspecter un type de maladie donnée : une mycose, une bactériose, une virose, etc. L’identification d’un agent pathogène nécessite généralement la mise en œuvre de méthodes de laboratoire plus ou moins sophistiquées en fonction de la nature de ce dernier. Ces méthodes sont indiquées dans le tableau 1. Nous ne présenterons de façon synthétique que les procédures les plus facilement mise en oeuvre dans un laboratoire généraliste. Certaine méthodes plus perfectionnées, nécessitant des appareillages parfois couteux et/ou un savoir faire spécifiques, ne seront pas détaillées.

 

 

Tableau 1 : Principales méthodes mise en œuvre dans les laboratoires généralistes et/ou experts lors de diagnostics phytosanitaires.

 


 

Méthodes potentielles

Champignons

et Oomycètes

Bactéries Phytoplasmes
Virus Viroïdes
Nématodes

 

Chambre humide

 

*          

 

Isolements microbiologiques

 

* *        

 

Piégeages biologiques

 

*          

Indexages et test

biologiques

 

 

*

(Agrobacterium)

* *    

Observations au microscope

photonique

*

*

(coloration Gram) 

 

*

(inclusions 

cytoplasmiques)

  *

Observations au microscope

électronique

 

    * *    

Caractérisation des profils

isoenzymatiques

 

          *

Recherche d'anticorps

spécifiques

 

 

*

(immunofluorescence)

*

(immunofluorescence)

*    

Recherche de séquences

génétiques spécifiques

 

* * * * *  *

 

 

Dernière modification : 05/04/2016
  • Auteur :
  • D Blancard (INRAe)