Utiliser des semences exemptes de maladies. Des traitements de graines infectées à base de cuivre + mancozèbe, d'acide peroxyacétique à 1%, et de l'hypochlorite de sodium à 1%, permettraient de les désinfecter plus ou moins efficacement.
Ne pas récolter des graines sur des fruits malades et les utiliser ultérieurement. Certainement partiellement contaminées, elles assureront des contaminations précoces des plantes, probablement déjà en pépinière.
Utiliser des plants sains. La bactérie semble capable de provoquer des lésions sur cotylédons de certaines Cucurbitacées.
Ne pas travailler dans la culture quand les plantes sont mouillées.
Eviter les irrigations par aspersion, ou les réaliser le matin, ou en cours de journée, mais jamais le soir. Ainsi, les organes aériens (feuilles et fruits) sècheront rapidement.
Détruire les débris végétaux et surtout les fruits pourris en les brûlant, ou en les enfouissant profondément.
Réaliser des rotations d'au moins 3 années avec des plantes non-hôtes, ce qui ne devrait pas poser de problème car cette bactériose est très spécifique des Cucurbitacées.