- hôte, gamme d'hôtes, plante indicatrice : individu (plante-hôte) ou population (population-hôte) susceptibles d'être contaminés par un agent pathogène. La gamme d'hôtes représente l'ensemble des espèces sensibles à un agent pathogène. Les plantes indicatrices sont la gamme d'hôtes sensibles à un virus, une bactérie ou un phytoplasme qui permettent, par des caractères particuliers, de déterminer l'agent pathogène.

- hôte alternatif : certains champignons ont besoin de plusieurs plantes hôtes pour effectuer leur cycle de contamination. La plante non cultivée est appelé hôte alternatif.

- humidité relative (HR) : humidité de l'air mesurée à l'aide d'un hygromètre. Les HR proches de 100% (proches de la saturation de l'air) sont favorables à la germination d'un grand nombre de champignons.

- hyménium : pseudo-tissu tapissant l'intérieur des fructifications sexuées des ascomycètes et des basidiomycètes et comprenant des éléments fertiles (asques ou basides) et parfois des paraphyses (éléments stériles).

- hyphe : filament élémentaire du mycélium.

- hypovirulence : voir à virulence.