- macrocyclique : se dit de certaines rouilles qui possèdent tous les stades reconnus aux rouilles au cours de leur cycle biologique.

- macule : symptôme en forme de tache de grande dimension provoquée par un agent pathogène sur la plante hôte.

- malade, maladie : il s'agira ici de l'état dans lequel se trouve une plante qui a été contaminée par un agent pathogène.

- matière active (M.A.) : partie ou molécule(s) efficiente d'un produit chimique (fongicide, insecticide,...) utilisé dans la lutte contre un agent pathogène ou un parasite.

- medulla : pseudo-tissu interne d'un sclérote constitué par des hyphes mycéliennes réunies en pelote dense.

- microsclérotes : petits sclérotes tout juste visibles à l'oeil nu possédant ou non une structure de sclérote avec une medulla entourée d'un cortex.

- milieu de culture, milieu nutritif artificiel : base nutritive fabriquée pour obtenir la croissance des parasites facultatifs in vitro, en vue de la détermination de ces agents pathogènes ou de l'obtention de leur culture pure.

- moelle, tissus médullaires : tissu parenchymateux, lacuneux appartenant au cylindre central d'une tige.

- momie, momifier : état de certains fruits desséchés (pourriture sèche) à un stade donné de leur développement par l'action d'un agent pathogène et restant en l'état sur l'arbre.

- multiplication végétative : reproduction d'un organisme (hôte, agent pathogène) sans intervention de phénomène sexuel.

- mycélium, mycélien : l'appareil végétatif des champignons (ou thalle) est constitué d'hyphes mycéliennes microscopiques. Parfois ces filaments se réunissent en réseau dense à l'extérieur des tissus attaqués par des champignons phytopathogènes.

- mycose : maladie due à un champignon.