- carpophore : organe des champignons supérieurs (basidiomycètes) comportant un pied ou stipe et dont le chapeau de forme variable héberge l'hyménium.

- certifier, certifié : se dit d'une semence ou d'un plant inscrit au catalogue des espèces et des variétés. Se dit aussi des plants sans virus dont il existe une multiplication végétative, préculture et mise à disposition des producteurs (pomme de terre, arbres fruitiers...). Le certificat est obligatoire pour l'exportation.

- champignon : organisme dont l'appareil végétatif ou thalle est dépourvu de racine, de tige et de feuille. Ce sont des champignons microscopiques qui seront le plus souvent évoqués en tant qu'agents pathogènes des végétaux.

- chancre : lésion des tiges herbacées, des rameaux et des troncs d'arbres provoquée par un agent pathogène. Par extension, une lésion sur fruit est parfois également appelée chancre.

- chlamydospore : spore de conservation de certains champignons souvent munie d'une paroi épaisse qui leur permet de subsister d'une année sur l'autre dans le sol ou les débris végétaux en décomposition.

- chlorose, chlorotique : décoloration plus ou moins prononcée du feuillage en relation avec une perturbation physiologique qui peut être due à un agent pathogène.

- cicatrice, cicatriciel (bourrelet) : réaction de la plante hôte à une lésion provoquée ici par un agent pathogène.

- cirrhe : gelée contenant des conidies libérées par l'ostiole (= ouverture) d'une pycnide.

- cloque : déformation des tissus foliaires en forme de boursouflures, plus ou moins colorées ou décolorées, en réaction à l'attaque d'un agent pathogène.

- colonisation, coloniser : faculté pour un agent pathogène d'envahir les tissus d'une plante. La colonisation systémique qualifie la progression du parasite dans tout ou partie d'un organe ou dans l'intégralité des tissus de la plante.

- conidie, microconidie, macroconidie, conidiophore : terme général désignant une spore issue de la multiplication végétative d'un champignon et produite au niveau d'une tache sporulante. Certains champignons produisent 2 types de conidies : des conidies de grande taille ou macroconidies et des conidies de petite taille ou microconidies. Les conidies sont supportées et produites par les hyphes mycéliennes spécialisées ou conidiophores.

- conservation, survie, survivre, hiverner : étape importante du cycle d'un agent pathogène dont dépend la survie d'une année sur l'autre. Réalisée généralement au niveau du sol pour les plantes annuelles ou pluriannuelles, cette conservation a souvent lieu l'hiver. Sur espèces ligneuses, la conservation a lieu dans les parties aériennes (bourgeons, écorces, plaies...).

- contamination, contaminer : exprime le fait que l'agent pathogène pénètre dans son hôte et que la maladie est en cours (concept épidémiologique français). On distingue la contamination primaire due à l'inoculum primaire provenant des formes hivernales de conservation et la contamination secondaire qui est le fait de l' inoculum secondaire provenant du second cycle biologique de multiplication.

- cortex, écorce : termes désignant soit les couches extérieures des tissus de la tige ou de la racine comprenant de l'extérieur vers l'intérieur : l'épiderme, le parenchyme et l'endoderme ; soit la couche externe des sclérotes formée de cellules riches en pigment, la mélanine, qui confère une couleur noire.

- cycle de reproduction, cycle de multiplication : cycle qui permet à l'agent pathogène de se reproduire (sous la forme asexuée ou sexuée). Les agents pathogènes ont un ou plusieurs cycles de reproduction correspondant à un cycle biologique de la plante-hôte. Le cycle de contamination du parasite commence par une phase de pénétration puis, après un temps de latence plus ou moins long, apparaissent les symptômes parasitaires.

- cycle végétatif, période végétative : cycle biologique annuel faisant intervenir des stades phénologiques successifs manifestés par une plante annuelle, pluriannuelle ou ligneuse.