• RMT VegDiag

Barcoding

 

Type de laboratoire

Type de technique

Objectif

Bioagresseur(s) concerné(s)

Temps de mise en oeuvre

Délai de réponse du laboratoire

Laboratoire spécialisé

Moléculaire

Identification

Bactéries, Champignons, Virus, Nématodes, Insectes et Acariens

1 semaine

15 - 20 jours ouvrés

 

 

Principe : 

 

Le barcoding de l’ADN est une méthode de diagnostic générique qui utilise un fragment standard d’ADN du bioagresseur. Elle repose sur le séquençage de ce fragment, lequel est quasiment identique chez des individus de la même espèce. Le séquençage est précédé par une extraction d’ADN et une PCR. Il est ainsi possible d’identifier un individu en connaissant uniquement la séquence de ce fragment d’ADN. La lecture du barcode de l’individu mène à une bibliothèque de références où sont associées séquences d’ADN et identification fiable (taxonomique, morphologique). Un non spécialiste en systématique peut identifier une espèce qu’il ne connaît pas, sous réserve d’une bonne maitrise de la technique.

 

 

 Avantages

 Inconvénients

  • Identification massive et rapide
  • Identification d'individus non identifiables par leur morphologie (oeufs, larves...)
  • Nécessite une base de données des barcodes et de moyens de séquençage
  • Peu utilisé en pathologie végétale

 


Les informations présentées sont issues des fiches rédigées par des élèves ingénieurs de la spécialisation protection des cultures de l'ENSAIA dans le cadre des actions de l'axe 2 du RMT VEGDIAG.

Dernière modification : 29/06/2016