Champignons racinaires
Les racines n’échappent pas à l’action des pathogènes. Cependant, la complexité du sol, les difficultés d’observation, leur évolution lente et la discrétion des symptômes initiaux rendent leur étude beaucoup plus délicate que celle des pathogènes aériens. De fait, leur implication sur la santé des écosystèmes forestiers a longtemps été minimisée alors qu'ils jouent un rôle important dans les dépérissements à long terme de certaines essences.
À l’instar des pathogènes aériens, les pathogènes racinaires sont spécialisés et leurs caractéristiques diffèrent fortement selon qu’ils s’attaquent aux grosses ou aux fines racines. On compte, parmi ces pathogènes, les pourridiés (fomes, collybie, armillaire, phéole, rhizina...), qui attaquent les grosses racines, dotés d'enzymes capables de détériorer l'écorce et le bois ; les phytophthoras (encre...), agents de nécroses des racines fines, qui survivent dans le sol et attaquent le système racinaire, des fines racines jusqu’au collet.