Agrobacterium, Rhizobium spp.

Prolifération (Root mat) et tumeurs racinaires (Crown gall)

 Généralités 

• Bactéries mondialement répandues dans les sols, associées aux symptomes de proliférations et tumeurs racinaires sur porte-greffes de tomate et d'aubergine.
• Proliférations racinaires qualifiées par les anglo-saxon de "Root mat" et associées à différentes appellations dans la littérature : Agrobacterium biovar 1, des souches d’Agrobacterium radiobacter, Rhizobium radiobacter (Ri).
  • Induites par le transfert et l’expression du plasmide « Ri » (root-inducing) dans le génome des cellules des porte-greffes tomate
  • D’autres espèces bactériennes associées au Root mat et appartenant à d’autres genres bactériens comme Ochrobactum, Rhizobium, Sinorhizobium qui hébergeraient ce plasmide
  • Signalé dans plusieurs pays européens et d'autres continents. 
  • Ne semble affecter que les porte-greffes tomate des aubergines greffées.
• Tumeurs racinaires attribuées à  Rhizobium radiobacter* (Agrobacterium tumefasciens) présente dans la rhizosphère de nombreuses plantes.
  • Très polyphage sur les dicotylédones, elle s'attaque à des plantes appartenant à plus de 60 familles botaniques, qu'elles soient ligneuses ou herbacées.
  • Assez peu signalée sur tomate, encore moins sur aubergine, des tumeurs sont surtout surtout observées sur les porte-greffes surtout en cultures hors sol.
  • Ponctuellement ssociée à d'autres bioagresseurs telluriques et notamment des Meloidogyne spp. en cultures en sol sous abis.

*La biologie de cette bactérie et son processus infectieux sont tout à fait originaux. Le mécanisme utilisé pour parasiter une plante passe par l'intégration d'une partie de son génome, un fragment de plasmide Ti inducteur de tumeur (l'ADN-T), dans celui de la plante. C'est pour cela qu'elle est utilisée en transgénose comme vecteur permettant d'intégrer des gènes désirés dans le génome des plantes.
Plusieurs biovars de Rhizobium radiobacter ont été décrits. Les biovars 1 d'A. tumefaciens, d'A. rhizogenes et d'A. radiobacter auraient été regroupés dans un unique taxon : A. tumefaciens. Le crown gall de la vigne, est provoqué lui par le biovar 3 d'A. vitis ; il a été mondialement répandu par des boutures.

• Organes attaqués : essentiellement racines
•  Symptômes : 
  •  Prolifération racinaire plutôt linéaires dans et à la surface des cubes et des pains de laine de roche (photo), formation de tapis racinaires ("root mat")
    • Augmentation de la croissance végétative des aubergines au détriment de la fructification.
    • Taille des fruits peut être réduite.
    • La forte densité des racines les rend beaucoup plus sensibles aux attaques des champignons présents dans les cultures hors sol, en particulier aux chromistes (Pythium spp., Phytophthora spp.). En effet, le drainage dans les cubes et les pains peut être fortement réduit et favoriser les asphyxies racinaires.

  • Petites grosseurs sur certaines racines notamment proches de la surface du sol ou du substrat (figure ).

    • Jeunes tumeurs sont lisses, blanchâtres et plutôt sphériques.
    • En vieillissant, elles subérisent en surface et prennent progressivement une teinte brune plus ou moins marquée.
    • Elles ont une forme irrégulière et une taille variable, certaines atteignent plusieurs centimètres de diamètre (figure 3). Elles peuvent devenir spongieuses et se décomposer par la suite.
    • La présence de ces tumeurs sur les racines ne semble pas affecter la croissance des plantes et la production en fruits.
    • Des attaques conjuguées de cette bactérie et de nématodes à galles ont lieu parfois sur les mêmes systèmes racinaires
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• Signes : 
• Confusions possibles : 

Biologie

• Conservation : Ces bactéries sont capables de vivre à l’état saprophyte dans le sol au moins plusieurs années, ainsi que sur et dans les débris végétaux. Elles doivent pouvoir se maintenir dans les substrats si ceux-ci ne sont pas remplacés, et sur diverses plantes cultivées, fet notamment des légumes, en plus de la tomate et des porte-greffes : la betterave, le navet… Ces plantes, lorsqu’elles sont cultivées à proximité de parcelles d'aubergine greffée ou produites dans la même serre, peuvent constituer des sources d’inoculum, l’eau et les sols contaminés également. Les pépinières peuvent être contaminées par l'agent des proliférations racinaires, et donc les plants. 
• Infection : Pénétration dans la plante par des blessures se formant sur les racines ou la tige à proximité de la surface du sol ou du substrat, à la suite d’opérations culturales, de dégâts liés à des ravageurs… Les cellules bactériennes mobiles sont attirées par chimiotactisme par la racine à la suite de la libération de sucres et d’autres composés dans la rhizosphère.
• Développement - Dissémination : Une fois en place, elles s'y multiplient abondamment et perturbent activement la physiologie de la plante : division rapide et anarchique des cellules végétales environnantes, surproduction de régulateurs de croissance qui provoquent des proliférations cellulaires, déséquilibres hormonaux, réduction de l'absorption racinaire de l'eau et des nutriments, etc.  Transmission par l’eau et les particules de sol souillé à d’autres plantes ou cultures. Les ouvriers au cours de leurs activités dans les cultures, les engins aratoires aux roues chargées de mottes de terre, peuvent assurer la dispersion de ces bactéries. On les retrouve dans les substrats et la solution nutritive des cultures hors sol. Il n’est pas impossible qu’elle puisse être disséminée par cette dernière.
• Conditions favorables :
  • Favorisées par les conditions rencontrées dans les cultures hors sol, et sous abris. Les températures élevées semblent favoriser l'expression des tumeurs et peut être les attaques de nématodes à galles ?

Protection 

• Très difficile de contrôler la prolifération racinaire dans les cultures hors sol. Il convient de mettre en place des mesures d’hygiène afin de limiter la conservation et la prolifération des bactéries :
  • Nettoyer et désinfecter soigneusement les pépinières et les abris avec un désinfectant. Entre deux cultures, le matériel utilisé dans les serres ne devra pas être stocké sur le sol ou dans un environnement sale car il pourra se contaminer à cette occasion ;
  • Une désinfection du sol sera souvent illusoire car cette bactérie s’y conserve aisément et le recolonise rapidement ;
  • Ne pas mettre en contact les pains avec le sol et suspendre les goutteurs ;
  • Lorsque le plastique couvrant le sol sera remplacé, faire très attention que le nouveau ne soit pas souillé par des poussières de sol sur sa face supérieure.
• Lorsque des tumeurs sont constatées sur les plantes, il est malheureusement trop tard pour intervenir. Aucun produit, aucune mesure, ne permettent de contrôler efficacement cette bactériose. Mettez-en oeuvre quelques mesures d’hygiène pour tenter de l’éliminer de l’exploitation :
  • En culture hors sol, si quelques plantes sont affectées dans un nombre limité de sacs, il est souhaitable de les retirer de la culture et de les détruire.
  • Ne pas laisser des débris végétaux et des particules de substrat sur place.
  • Sortir et détruire en fin de culture toutes les plantes, et en particulier leur système racinaire.
  • Eliminer les substrats, réaliser un nettoyage complet de la serre et du matériel utilisé dans celle-ci.
  • En sol réaliser une rotation durant plusieurs années avec des monocotylédones, des céréales comme le blé ou le maïs. Il conviendra de contrôler que d'autres bioagresseurs racinaires, et en particulier des nématodes à galles, ne sont pas aussi associés aux déformations racinaires constatées dans la culture. Si c'est le cas, il faudra envisager de mettre aussi en place des méthodes de protection spécifiques aux Meloidogyne spp.