Thanatephorus cucumeris, largement répandu dans le monde et en France, est très fréquent, voire quasi permanent dans de nombreux sols maraîchers. Il peut être considéré comme un marqueur biologique de sols dits « fatigués ». Il n'est donc pas étonnant qu'il affecte la tomate, sur laquelle il peut occasionner divers symptômes, sur pratiquement tous les organes.

Comme les Pythium spp., ce champignon tellurique apprécie particulièrement les jeunes plantules après semis et occasionne des fontes de semis (damping-off). Avant comme après émergence, des lésions brunes, brun rougeâtre à noires, sont visibles sur les plantules affectées. Une fois ces dernières sorties de terre, les altérations sont surtout localisées sur le collet, entraînant la mort des jeunes plantules.

Ce champignon est aussi capable de s'attaquer aux plantes en phase de croissance active, voire adultes. Là encore, il peut affecter les racines et le collet de cette solanacée. Sur les racines, la nature des symptômes notés semble influencée par le contexte cultural et notamment l'humidité du sol. Il n'est pas rare de voir associé ce champignon à des racines de tomate légèrement subérisées en surface, plutôt « sèches », sur lesquelles de nombreuses radicelles ont disparu. Dans ce cas, il n'est cependant pas toujours aisé de savoir s'il n'est qu'un simple marqueur biologique de systèmes racinaires ayant subi des stress agro-culturaux ou climatiques. On le retrouve aussi sur des systèmes racinaires présentant des lésions brun rougeâtre plutôt humides et/ou une pourriture de même nature (Rhizoctonia root rot). Dans cette situation, le cortex dégradé peut se détacher par endroits. A noter qu'il s'attaque aussi aux porte-greffes tomate de type KNVF.

Signalons que R. solani peut être observé en même temps que Colletotrichum coccodes, Pyrenochaeta lycopersici, des nématodes phytophages sur les racines de tomates cultivées en sol. Il est parfois rencontré dans des cultures hors sol, en complexe avec Pythium spp., Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici, et Colletotrichum coccodes.

Il affecte aussi le Collet (basal stem canker), la Tige et de nombreux Organes aériens de la tomate.

Quelle que soit la nature et la localisation des symptômes, le mycélium cloisonné et hyalin à brun de R. solani, cheminant sur ou à proximité des tissus lésés, traduit sa présence (figures 1 et 2).
 
Pour plus d'informations sur ce champignon, vous pouvez consulter la fiche Thanatephorus cucumeris (Rhizoctonia solani).