Agrobacterium radiobacter biovar 1¹ (« root mat »)

Le root mat est une maladie relativement ancienne puisqu'elle fut initialement décrite dans les années 1970 au Royaume-Uni, et associée à une souche d'Agrobacterium biovar 1, dans des cultures de concombre en sol sous abris. Elle n'a été observée dans ce pays sur tomate qu'à partir de 1997, essentiellement en culture hors sol où le nombre de plantes affectées variait entre 1 et 50 %. Des souches d'A. radiobacter portant un plasmide « Ri » (root-inducing) étaient responsables. En fait, les symptômes racinaires sont induits par le transfert et l'expression de ce plasmide dans le génome des cellules de la tomate. Des travaux plus récents ont permis de démontrer que le plasmide « Ri » est aussi présent chez d'autres espèces bactériennes associées au root mat et appartenant à d'autres genres : Ochrobactum, Rhizobium, Sinorhizobium. Ces espèces pourraient jouer un rôle épidémiologique non négligeable dans la maladie. Notons que le root mat est maintenant signalé dans plusieurs autres pays européens comme les Pays-Bas, la France ...

Les plantes affectées présentent une prolifération racinaire plutôt linéaires dans et à la surface des cubes et des pains de laine de roche (figures 1 et 2), ce qui conduit à une augmentation de la croissance végétative des tomates au détriment de la fructification. Notons que la taille des fruits peut être réduite. De plus, la densité des racines les rend beaucoup plus sensibles aux attaques des champignons présents dans les cultures hors sol, en particulier aux chromistes (Pythium spp., Phytophthora spp.).

Ces proliférations racinaires sont dues aux effets de souches d'A. radiobacter biovar 1 hébergeant un fragment d'ADN circulaire, un cucumopine plasmide « Ri », inducteur racinaire. En effet, cette bactérie, comme dans le cas d'A. tumefaciens, joue le rôle de vecteur et transmet ce plasmide qui s'insèrera dans le génome des cellules des plantes. Par la suite, la production de racines est totalement perturbée, les plantes en produisant d'une façon anarchique. La durée d'incubation de cette maladie semble assez longue, approximativement de 4 à 8 semaines. L'isolement et l'identification de cette bactérie est assez difficile et nécessite l'intervention d'un laboratoire spécialisé (le plasmide peut être détecté par PCR).

Il est assez difficile de contrôler cette maladie dans les cultures hors sol de tomate. En effet, il n'existe pas de produit permettant de réaliser des traitements efficaces et homologués en cours de culture. Seules plusieurs mesures d'hygiène peuvent être mises en oeuvre en pépinière et durant la culture pour limiter la conservation et la prolifération de cette bactérie :
- nettoyer et désinfecter soigneusement les pépinières et les abris avec un désinfectant. Entre deux cultures, le matériel utilisé dans les serres ne devra pas être stocké sur le sol ou dans un environnement sale car il pourra se contaminer à cette occasion ;
- une désinfection du sol sera souvent illusoire car cette bactérie s'y conserve aisément et le recolonise rapidement ;
- les pains ne devront pas être en contact avec le sol et les goutteurs devront être suspendus ;
- lorsque le plastique couvrant le sol sera remplacé, il conviendra d'être particulièrement vigilant pour que le nouveau ne soit pas souillé par des poussières de sol sur sa face supérieure.

Des tentatives de désinfection des pains à la vapeur se sont avérées efficaces pour tuer la bactérie, mais pas le plasmide infectieux. Retenons que cette solution n'est pas préconisée dans les pays touchés par le root mat.

Signalons qu'une affection assez comparable, dénommée « syndrome des racines épaisses » (thick root syndrom) et dont l'origine est inconnue, est rapportée notamment aux Pays-Bas, essentiellement en pépinières de concombre, poivron, tomate. Elle se traduit par une croissance excessive des racines qui ont également tendance à s'enrouler irrégulièrement et à prendre une apparence vitreuse. Leur diamètre est parfois considérable (au moins dix fois plus gros que celui d'une racine normale), et elles finissent par se décomposer. Notons qu'elles sont beaucoup plus sensibles aux attaques des Pythium spp.