Identification au niveau de l'espèce

• Diagnostic morphologique

Les suspensions de nématodes sont ré-ajustées au culot avec une trompe à vide puis saturées à chaud (45°C) avec un fixateur ¹. Elles sont envoyées vers des laboratoires spécialisés qui réalisent la caractérisation spécifique avec des clés de détermination adaptées à chaque genre.

Dans le cas particulier des nématodes à galles du genre Meloidogyne, l'étude morphologique est difficile dans la mesure où seuls les juvéniles de 2ème stade sont disponibles et qu'ils ne présentent pas suffisamment de caractères discriminants. L'étude d'un caractère particulier a été développée sur les femelles adultes : les empreintes périnéales ².

L'empreinte périnéale est formée par des stries cuticulaires qui, chez les femelles, entourent la vulve et l'anus. L'ornementation que forment ces stries ressemble "vaguement" à une empreinte digitale. C'est un des caractères les  plus importants pour déterminer les espéces de Meloidogyne qui a servi de base à plusieurs études systématiques.

1 De Grisse AT. 1969. Redescription ou modifications de quelques techniques utilisées dans l'étude des nématodes phytoparasites. Mededelingen Rijksfakulteit Landbouwwetenschappen Gent, 34: 351-369.
² Karssen. The plant parasitic nematode genus Meloidogyne Göldi, 1892 (Tylenchida) in Europe. Brill Academic Publishers (2002).

• Diagnostic biochimique

Pour exemple, citons le cas des nématodes du genre Meloidogyne, et l'étude du système estérase et malate-déshydrogénase ^3,4.

La spécificité des profils isoenzymatiques permet d'identifier avec certitude les différentes espèces de Meloidogyne (ici javanica, arenaria,incognita et hapla).
 

L'étude du système estérasique permet de diagnostiquer les espèces arenaria et javanica. Par contre il ne permet pas de différencier les espèces incognita et hapla. Pour cela une étude complémentaire du système Mdh permet de  diagnostiquer les espèces hapla et incognita.

³ Dalmasso, Bergé. Molecular polymorphism and phylogenetic relatConship in some Meloidogyne spp. : Application to the taxonomy of Meloidogyne. J. Nemafol. 10 : 373-332 (1978)
⁴ Esbenshade, Triantaphyllou. Use of enzyme phenotypes for identification of Meloidogyne species. J. Nematol. 17(1) : 6-20 (1985)

• Diagnostic moléculaire

Il est basé sur l'amplification de régions d'ADN, et peut être pratiqué sur des juvéniles ou des adultes individuels.

Meloidogyne, dont la technique d'identification moléculaire basée sur l'amplification de régions de séquences d'ADN caractéristiques (SCAR) par une technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase de l'ADN) ⁵ (figure).

Grâce à cette technique, le diagnostic des espèces javanica, arenaria et incognita est possible.

⁵ Zijlstra. Identification of Meloidogyne incognita, M. javanica and M. arenaria using sequence characterised amplified region.
Nematol. 2(8) : 847-853 (2000)
Zijlstra. Identification of Meloidogyne chitwoodi, M. fallax and M. hapla Based on SCAR-PCR: A Powerful Way of Enabling Reliable Identification of Populations or Individuals that Share Common Traits. European Journal of Plant Pathology. 106(3) : 283-290 (2000)

• Méthodes officielles

Des méthodes officielle d'identification morphologique, biochimique et moléculaires d'espèces de quarantaine sont consultables sur le site de l'ANSES (www.anses.fr).