Devant l'efficacité et l'absence de nuisance pour l'environnement de la lutte génétique, d'importants programmes de sélection ont été et sont conduits dans le monde. Ils devraient permettre de contrôler un nombre croissant de bioagresseurs.

Les techniques de biologie moléculaire utilisées pour marquer les gènes intéressant les sélectionneurs permettent la sélection de résistances difficiles à mettre en évidence par des biotests précoces. Elles facilitent ainsi la sélection de résistances partielles, oligogéniques ou polygéniques et le cumul d'un plus grand nombre de gènes de résistance.

De sérieux espoirs de résistance sont envisageables pour pratiquement tous les types de micro-organismes phytopathogènes. Ils concernent pour plusieurs d'entre eux le contrôle de certaines races adaptées aux résistances actuellement disponibles dans des variétés cultivées. À titre d'exemple, les micro-organismes susceptibles d'être contrôlés par des résistances issues des espèces sauvages de Solanum (ex Lycopersicon) sont présentés ci-après.

- Un nouveau pathotype de Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici qui surmonte les gènes « I » et « I-2 » est maintenant présent dans différentes régions. Cette nouvelle race, désignée généralement « race 3 », est contrôlée par le gène dominant « I-3 » issu de S. pennellii (ex L. pennellii). Il a été introduit dans des lignées de tomate ; des hybrides F1 commerciaux résistants aux 3 races commencent à apparaître.

- De nombreux travaux font état de résistances partielles à Alternaria tomatophila, provenant de diverses espèces sauvages dont S. habrochaites (ex L. hirsutum) et présentes dans différentes variétés commerciales. Cette résistance ne doit cependant pas être confondue avec celle efficace contre A. alternata f. sp. lycopersici qui est contrôlée par le gène dominant « Asc ». Cette résistance, présente chez la quasi-totalité des variétés cultivées anciennes et modernes, est référencée « résistance à l'Alternaria » dans certains catalogues semenciers. Cette indication prête à confusion : il ne s'agit en aucun cas d'une résistance à l'alternariose du feuillage provoquée par A. tomatophila.

- Le gène « Ph-1 » de résistance à Phytophthora infestans a été surmonté avant même d'avoir été utilisé en sélection, et le gène « Ph-2 », incomplètement dominant et contrôlant une résistance partielle, a connu les mêmes déboires. Les sélectionneurs ont alors recherché une résistance plus efficace. Les espoirs portent maintenant sur le gène « Ph-3 » issu de S. pimpinellifolium (ex L. pimpinellifolium).

- En ce qui concerne Oidium neolycopersici, les sélectionneurs visent à cumuler les gènes de résistance issus d'espèces sauvages afin d'assurer un haut niveau de résistance à différentes races récemment mises en évidence.

- Des sources de résistance à Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis sont connues depuis longtemps. Il s'agit de résistances partielles, avec des niveaux d'expression très influencés par les conditions de milieu. Issues d'espèces sauvages, elles sont à la base de programmes de sélection conduits dans le monde entier, dont les types variétaux destinés à la transformation industrielle semblent les plus avancés.

- Différentes sources de résistance aux Xanthomonas spp. ont été mises en évidence. Les travaux de sélection visent à cumuler les résistances aux différentes races et à en obtenir une s'exprimant tant pour le feuillage que pour les fruits. Une résistance provenant de S. pimpinellifolium est particulièrement travaillée.

- En ce qui concerne le Potato virus Y (PVY), les travaux portent essentiellement sur la résistance issue de S. habrochaites contrôlée par deux gènes : « pot-1 », récessif, et « Pot-2 », dominant. Cette résistance est efficace tant à l'égard des souches provoquant une mosaïque que des souches nécrotiques.

- Un gène dominant, stable à haute température et permettant de contrôler l'Alfalfa mosaic virus (AMV), a été mis en évidence dans une origine de S. habrochaites. Ce gène, dénommé « Am », intéresse les sélectionneurs des pays méditerranéens où l'AMV est parfois grave.

- Pour le Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV), la sélection tend à augmenter le niveau de résistance des hybrides en cumulant des gènes issus de différentes espèces sauvages. Des programmes de sélection sont également conduits pour contrôler les autres Begomovirus, dont la diversité est importante.

- Le gène « Mi », utilisé depuis longtemps dans différents contextes culturaux pour combattre les nématodes à galles appartenant au genre Meloidogyne, est surmonté dans de nombreuses régions. Deux autres gènes issus de S. peruvianum (ex L. peruvianum) ont été introduits dans des lignées de tomate. Le gène « Mi-2 » contrôle les souches surmontant « Mi » mais s'avère, comme ce dernier, inefficace à température élevée. En revanche, « Mi-3 » permet de maîtriser les souches adaptées à « Mi » et se montre stable à haute température. Les sélectionneurs s'intéressent à ce gène, notamment pour les cultures de la tomate en zones chaudes et sols sableux, dans lesquels la température s'élève davantage au niveau des racines.

Les programmes de sélection, aidés par le marquage moléculaire, cherchent maintenant à cumuler ces nouvelles résistances avec celles déjà disponibles et ayant fait leurs preuves dans le matériel commercialisé.

À plus long terme, des résistances à d'autres bioagresseurs seront introduites dans les programmes de sélection. Des espoirs existent par exemple pour contrôler Verticillium albo-atrum, race surmontant le gène « Ve », Phytophthora nicotianae, Colletotrichum coccodes, Botrytis cinerea, Pseudomonas syringae pv. tomato (race surmontant le gène « Pto ») et le Pepino mosaic virus (PepMV). Des recherches sont également conduites pour contrôler génétiquement différents insectes, mais il est trop tôt pour en pronostiquer les résultats pratiques.