Biologie, épidémiologie

• Conservation, source d'inoculum

Setophoma terrestris se conserverait dans le sol et sur les débris végétaux plusieurs années sous la forme de chlamydospores qui constitueraient l'inoculum primaire. Il a été retrouvé jusqu'à 45 cm de profondeur.
Il peut aussi se maintenir dans une parcelle grâce à de nombreux hôtes alternatifs cultivés ou non : tomate (associé aux racines liégeuses), poivron, aubergine, chou-fleur, carotte, épinard, soja, pois, mais aussi des céréales (millet, avoine, orge, blé, maïs). Le champignon est aussi présent dans la rhizosphère de diverses plantes herbacées et ligneuses.
Le rôle joué par les pycnides, à la fois dans la conservation et la dissémination de ce champignon ne semble pas clairement défini.

• Pénétration, invasion

Les chlamydospores de S. terrestris germeraient dans le sol et des hyphes mycéliens gagneraient les racines et les pénétreraient, envahissant progressivement le cortex et le décomposant grâce à diverses enzymes. Un processus parasitaire comparable pourrait avoir lieu à partir des conidies issues des pycnides.

• Sporulation, dissémination

Le champignon produit de minuscules structures globuleuses et noires (des pycnides) (figure 1) dans les cellules épidermiques et corticales des racines infectées. Des conidies (figure 2) unicellulaires et hyalines sont libérées de  celles-ci dont ; leur rôle dans le cycle épidémique de la maladie n'a pas été étudié. Notons que les plants contaminés (notamment d'oignon) peuvent assurer la dissémination de la maladie, et l'infestation de nouvelles parcelles. Il en est de même pour les outils aratoires passant d'une parcelle infestée à une autre saine. Les ruissellements d'eau et de particules de sol y contribuent aussi.

• Conditions favorables à son développement

Ce champignon apprécie surtout les températures plutôt clémentes. Sa croissance est optimale aux alentours de 26°C, mais elle peut avoir lieu entre 16 et 32°C.
L'humidité du sol ne semble pas un facteur limitant sa croissance, puisqu'il peut sévir sur une large plage de pourcentages d'humidité du sol. Il serait tout de même plus dommageable dans les sols lourds et mal drainés, à faible teneur en matière organique. 

La présence d'autres bioagresseurs du sol, divers stress abiotiques fragilisant les racines favorisent son parasitisme sur ses hôtes.