Plusieurs genres de champignons appartenant à différents groupes colonisent les insectes ravageurs des cultures, les nématodes ou sont hyperparasites ou antagonistes de champignons phytopathogènes. Parmi ceux-ci, on peut citer :
- les Entomophthorales (Zygomycota), qui sont essentiellement des champignons parasites d'insectes ;
- parmi les ascomycètes (Pezizomycotina) on compte de nombreux genres répartis dans différentes classes :

Orbiliomycetes		Orbiliaceae		- Arthrobotrys sp. utilisé contre les nématodes. Le champignon attrape l'animal avec un anneau constricteur composé de trois cellules qui se gonflent très rapidement et étrangle le nématode. Par exemple, A. irregularis permet de lutter contre l'infection des sols causée par les Meloidogyne (nématodes à galles)
Sordariomycetes		Cordycipitaceae		plusieurs espèces sont des parasites d'insectes
		Clavicipitaceae		- Metarhizium anisopliae (anc. Entomophthora anisopliae) provoque la muscadine verte chez les insectes contaminés (thrips, charançons, termites, etc.). La souche F52 est homologuée pour lutter contre les otiorhynques ravageurs des cultures ornementales et des petits fruits.
		Hypocreaceae		- Trichoderma harzianum antagoniste de champignons phytopathogènes et utilisé en protection des cultures surtout en préventif
		Xylariales		- Microdochium dimerum (anc. Fusarium dimerum) souche L13 est un agent potentiel de lutte contre Botrytis cinerea (---> plus d'infos)
Dothideomycetes		Phaeosphaeriaceae		- Ampelomyces quisqualis hyperparasite naturel des oïdiums ; son efficacité en champ ou en serre est très variable
		Montagnulaceae		- Paraconiothyrium minitans (W.A. Campb.) Verkley, 2004 (anc. Coniothyrium minitans), parasite obligatoire de Sclerotinia sclerotiorum (agent de pourritures racinaires sur de nombreuses cultures légumières) et qui se développe, au détriment de son hôte dont il empêche la prolifération    ---> plus d'infos - Microsphaeropsis arundinis (S. Ahmad) B. Sutton (1980) est un agent de contrôle potentiel contre Venturia inaequalis, responsable de la tavelure sur pommier

Toujours parmi les Ascomycota, chez les Saccharomycotina, on utilise Candida oleophila strain O Montrocher 1967 en traitement post-récolte sur pommes et poires comme agent antagoniste de Botrytis cinerea et Penicillium expansum, champignons responsables de pourritures des fruits en conservation. De même la souche Candida sake CPA-1 est une levure antagoniste qui pourrait-être utilisée au vignoble contre la pourriture de la grappe due à Botrytis cinerea ou contre la pourriture acide.

- les Glomeromycota comprennent surtout des champignons symbiotiques endomycorhiziens appelés AMF (arbuscular mycorhyzal fungi). Ces champignons forment une association avec de nombreuses plantes terrestres. Ce sont des biotrophes obligatoires qui nécessitent une plante-hôte pour compléter leur cycle de vie. La plupart des plantes cultivées sont des hôtes de mycorhyze à arbuscule et bénéficient de l'association. En améliorant l'exploration du sol par leur réseau mycélien, ces champignons augmentent l'absorption des éléments minéraux peu mobiles du sol, et agissent ainsi comme biofertilisants. Leur rôle est particulièrement important pour l'absorption du phosphore.