De nombreuses maladies sont à l'origine d'altérations et d'anomalie des racines et/ou du collet que nous avons, pour simplifier, répartis en 3 catégories généralistes de symptômes exemplifiés ci-dessous :

- Jaunissement, brunissement, noircissement des racines (figure 4) ;
- Autres altérations et anomalies des racines (figure 5) ;
- Altérations diverses du collet et de la portion de tige proche du sol (figure 6).

Figure 1	Figure 2	Figure 3
Figure 4	Figure 5	Figure 6

En présence de tels symptômes, diverses causes sont envisageables :

- Colletotrichum coccodes
- Didymella lycopersici
- Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici
- Phytophthora spp.
- Pyrenochaeta lycopersici
- Pythium spp.
- Rhizoctonia solani (Thanatephorus cucumeris)
- Sclerotinia sclerotiorum
- Sclerotium rolfsii (Athelia rolsii)
- Spongospora subterranea f. sp. mediterranea
- Meloidogyne spp. (nématodes à galles)
- Orobanche spp.

- Asphyxie racinaire
- Collet et pivot liégeux
- Phytotoxicités diverses

D'autres causes, moins fréquentes ou non rencontrées en France, sont possibles :
- des agents pathogènes : Acremomium strictum, Alternaria alternata f. sp. lycopercisi, Calyptella campanula, Macrophomina phaseolina, Olpidium brassicae, Ozonium texanum var. parasiticum, Plectosporium tabacinum, Rhizoctonia crocorum, Rhizopycnis vagum, Sclerotinia minor, Thielaviopsis basicola, Agrobacterium radiobacter biovar 1, Agrobacterium tumefaciens ;
- des nématodes : Globodera tabacum (nématodes à kystes), Pratylenchus spp. (nématodes semi-endomigrateurs), et autres nématodes inféodés aux racines (Rotylenchulus reniformis, Belonolaimus longicaudatus...) ;
- des causes abiotiques : excès de salinité, pH du sol trop acide.
Des informations complémentaires peuvent être consultées dans l'ouvrage "Les maladies de la tomate" de D. Blancard, édité par les éditions Quae.
 

Nous avons volontairement regroupé les altérations des racines, du collet et de la partie basse de la tige (figure 1) dans le même chapitre car il n'est pas toujours aisé de dissocier ces 3 parties de plantes lorsqu'on réalise un diagnostic. En effet, les champignons attaquant les racines sont parfois capables de coloniser le collet et la partie basse de la tige. Réciproquement, il arrive que des champignons plutôt inféodés au collet progressent vers les racines.

L'identification des maladies affectant ces 3 parties de plante est particulièrement difficile car elles occasionnent couramment des symptômes similaires. Les risques de confusion sont donc certains. Nous vous suggérons d'être particulièrement observateur et de suivre attentivement les conseils préconisés tout au long de ce chapitre. Si vous avez le moindre doute, contactez un laboratoire spécialisé qui sera équipé pour observer ou isoler les bioagresseurs s'attaquant aux organes souterrains de la tomate, ou situés à proximité du sol.
 

Évaluer l'état sanitaire du système racinaire d'une plante représente un acte essentiel fréquemment mal appréhendé par bon nombre de producteurs et de techniciens. Pour réaliser un bon diagnostic, il convient de se placer dans les meilleures conditions possibles d'observation.

Tout d'abord, il y a lieu de récupérer soigneusement le ou les systèmes racinaires. Pour cela, vous éviterez de les arracher brutalement car les parties altérées, les plus fragiles (mais aussi les plus intéressantes pour effectuer le diagnostic, resteront dans le sol. Ensuite, il sera indispensable de bien les laver à l'eau afin de les débarrasser des particules de terre qui masquent fréquemment certains symptômes.

Une fois cette étape de préparation du matériel végétal réalisée, vous pourrez examiner les racines (figures 4 à 6).  Faites-le très attentivement et utilisez une loupe si vous en possédez une. Celle-ci vous permettra notamment d'observer de plus près certaines structures qui sont autant de signes caractérisant la présence d'un ou plusieurs bioagresseurs. Les principales altérations et anomalies observées sur racines sont représentées dans la figure 2.

Si vous observez des lésions d'abord sur le collet et/ou le bas de la tige, contrôlez systématiquement l'état du système racinaire, et réciproquement. En effet, le collet pourra également présenter un certain nombre de lésions synthétisées dans la figure 3. De plus, nous vous conseillons aussi de consulter le chapitre Altérations externes ou internes de la tige.

En culture hors sol, l'observation d'un système racinaire posera moins de problème bien qu'il soit parfois plus difficile à récupérer. Il suffira d'ouvrir un sac de substrat ou de dégager une gouttière pour visualiser une partie des racines. L'état sanitaire de ces dernières sera représentatif de celui des autres racines enfouies à l'intérieur du substrat . On pourra aussi envisager d'arracher sous les pains une partie des « racines d'eau ». Dans les cultures en NFT (Nutrient Film Technic), l'absence de substrat facilitera l'observation. On détaillera aussi l'état du collet.

Les symptômes présentés ici sont assez caractéristiques d'un problème racinaire mais ils ne sont pas suffisants pour en identifier la ou les causes exactes. Ils vous permettront seulement d'impliquer le système racinaire dans le dysfonctionnement des plantes.